Las Cortes Generales participan en la toma de decisiones en la Unión Europea mediante tres mecanismos fundamentales. El primero de ellos afecta al proceso legislativo dentro de la Unión, por una parte, recibiendo información de las iniciativas legislativas de las Instituciones de la Unión y pudiendo pronunciarse sobre ellas y, por otra, a través del control de los principios de subsidiariedad y proporcionalidad. El segundo de los mecanismos hace referencia a las decisiones políticas que se toman en los Consejos Europeos y la influencia de las Cortes en el Gobierno. Finalmente, las Cortes Generales intervienen en la negociación de los tratados de reforma de la Unión.
Las Cámaras reciben de las Instituciones de la Unión cualquier iniciativa legislativa que se presente, lo que permite que puedan pronunciarse al respecto y hacer llegar su posición al Gobierno de cara a la negociación, lo que se complementa con las previsiones de la Ley 8/94, reguladora de la Comisión Mixta Congreso/Senado para la Unión Europea, de que el Ejecutivo haga llegar a las Cortes un dosier con su posición y de que éstas puedan solicitar más información. En la práctica las Cortes no han hecho apenas uso de este poder, si bien es cierto que ante reformas legislativas de gran repercusión para España o de gran calado para la Unión han creado ponencias o subcomisiones encargadas de estudiar, por ejemplo, la reforma de la Política Agrícola Común o la adaptación al euro, cuyos trabajos han servido para orientar al Gobierno en las negociaciones, añadiendo un plus de debate democrático a dichas reformas. En cualquier caso, el número de iniciativas legislativas en la Unión es demasiado alto como para que las Cortes puedan pronunciarse sobre cada una de ellas, lo que se exacerba debido al componente técnico de parte de las mismas y la extrañeza que aún produce en las Cortes Generales la terminología propia de Bruselas, así como la complejidad del procedimiento legislativo o de la elección y articulación de la base jurídica y su ejercicio.
En el caso del control de subsidiariedad y proporcionalidad, las Cortes no ejercen aquí una función política en sentido estricto, sino que por razón del Tratado de Lisboa deben realizar un examen en gran medida técnico sobre el cumplimiento de estos principios, básicamente, sobre si la actuación de la Unión es la idónea a la vista del tipo de norma elegido y si está tomada al nivel adecuado o deben actuar los Estados miembros. Los integrantes de la Comisión mixta para la UE, órgano de las Cortes Generales encargado de emitir los dictámenes propios de este mecanismo, son transmutados en operadores jurídicos cuyo cometido es realizar un examen fundamentalmente técnico en que el debate político es residual. Además, no todas las propuestas son estudiadas por la Comisión, sino que es su Mesa la que hace una primera criba basada en un índice de materias de interés, lo que reduce en gran medida el alcance de este mecanismo que ofrece la posibilidad de paralizar u obligar al replanteamiento de la iniciativa a nivel de la Unión bajo ciertas condiciones.
Por lo que respecta a los Consejos Europeos, hasta la última reforma de la Comisión mixta para la UE, llevada a cabo por la Ley 38/2010, se seguían mediante una comparecencia previa ante la Comisión Mixta para la UE y otra posterior, del Presidente del Gobierno, ante el Pleno del Congreso. La reciente reforma de la Ley ha facilitado que la comparecencia previa haya ido desapareciendo con lo que se pierde ese primer debate en el que, antes de la toma de decisiones, las Cortes transmitían su posición. Respecto a la comparecencia posterior, el Presidente del Gobierno acude al Congreso sólo para exponer los Consejos de diciembre y junio desde la IX Legislatura, ya que todos los demás celebrados entre esas fechas se han borrado de la agenda de comparecencias, lo que ha sido recibido con una pasividad política inexplicable. Así pues, la posición del Gobierno no es debatida con carácter previo, momento crucial en que debería garantizarse la audiencia de las Cortes, sino meramente expuesta a posteriori, cuando ya sólo cabe la censura política.
La participación de las Cortes en la reforma de los tratados se ha realizado mediante la creación de Subcomisiones o Ponencias que han dirigido recomendaciones al Gobierno y seguido las negociaciones. El principal problema de este tipo de actuación es su carácter esporádico y coyuntural, además de las dificultades que se plantean a la hora de hacer llegar a tiempo la posición de las Cortes al Gobierno, dado que, salvo en el supuesto de la Convención, los Parlamentos nacionales no han participado en la negociación y reciben la información de los Ejecutivos.
Este panorama pone de manifiesto diversos problemas. Los primeros tienen que ver con la complejidad del proceso de integración y las dificultades que plantea compaginar dos sistemas de toma de decisiones tan diversos como el de las Instituciones de la Unión y las Cortes Generales. El segundo tipo de problemas tiene que ver con los mecanismos previstos en la legislación española, aunque es sin lugar a dudas el menor, pues con un mínimo de voluntad política desaparecería y con meros retoques en la Ley 8/94 se podría lograr una mayor debate, al menos de los Consejos Europeos. Finalmente están los problemas propios del sistema de partidos y mayorías parlamentarias, algo enraizado en la cultura política española, en la que se ha llegado a un punto en el que parece ser el Gobierno el que controla a las Cámaras a través de su mayoría parlamentaria y que, lejos de generar estabilidad en el país, le está dotando de un conformismo político cuestionable; la mayoría no debe actuar extinguiendo los debates sobre la base de la segura victoria a la hora de las votaciones, sino engrandecerse a través de ellos, porque en la discusión encuentra su legitimación y también mejora la representatividad de las futuras decisiones a nivel de la Unión Europea, que después afectarán a todos los españoles.