A la caza del genoma del coronavirus: una investigación con muestras canarias busca saber cómo se transmite para prevenir rebrotes

¿Cómo llegó el coronavirus a España? ¿Cuántas vías de introducción tuvo? ¿Cómo se ha propagado? ¿Por qué se dispersó con más fuerza por algunos territorios? ¿Cuándo se descontroló la transmisión local y cobró más importancia que los casos importados? Son algunas de las preguntas a las que tratará de responder un ambicioso proyecto de investigación genética que lideran los biólogos Iñaki Comas, del Instituto de Biomedicina de Valencia, y Fernando González Candelas, del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas, y en el que colaboran los servicios de microbiología de cuarenta centros hospitalarios de España, entre ellos el Doctor Juan Negrín, el de referencia para los ciudadanos de la zona norte de la isla de Gran Canaria.

El objetivo, según explica Comas (Valencia, 1979), es elaborar un modelo que ayude a predecir futuros rebrotes. Para ello, los investigadores secuenciarán los genomas del virus a partir de muestras extraídas a miles de pacientes infectados para encontrar las diferencias genéticas, cruzarlas con los datos epidemiológicos y obtener “una foto global” del comportamiento de este coronavirus y de sus mutaciones para ayudar a las autoridades en la toma de decisiones sobre aspectos tan cruciales como, por ejemplo, la movilidad de las personas.

El Instituto de Salud Carlos III, dependiente del Ministerio de Sanidad, acaba de aprobar una partida de 1,7 millones de euros para financiar un proyecto que ya contaba con un anticipo de 740.000 euros de la plataforma Salud Global del Centro Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Ese adelanto permitía a los científicos secuenciar en una primera fase en torno a 4.000 muestras de pacientes, de las que aproximadamente 200 corresponden al Hospital Doctor Negrín de Gran Canaria, uno de los centros colaboradores con un equipo formado por tras investigadores. Con los nuevos fondos, el consorcio recién creado aspira a analizar entre 15.000 y 20.000 muestras, una cifra mucho más representativa y que le permitirá estudiar no solo la evolución de las primeras semanas, de la oleada inicial, sino también el impacto de las medidas de confinamiento impuestas por el Gobierno central tras la declaración del estado de alarma.

El proyecto se articula en dos bloques. El primero es epidemiológico. Se trata, en síntesis, de “interrogar al genoma” del SARS-CoV2 para encontrar patrones de transmisión en el tiempo y en el espacio. “Queremos saber cómo de parecido es el virus que afecta a dos pacientes distintos y después cruzarlo con datos como el origen de los afectados, cuándo se tomó la muestra, los síntomas que presentaba…”, explica Comas. Es un estudio prospectivo: “Si entendemos por qué se disparó más en unos sitios que en otros, si lo logramos conectar con factores de riesgo, podemos predecir futuros rebrotes o focos localizados”, señala el doctor en Biología, que recuerda que “hubo un momento en que no éramos capaces de trazar de dónde venía”.

El segundo bloque incide en el componente clínico para conocer cómo afecta la diversidad del virus al diagnóstico de la enfermedad y a las futuras vacunas y antivirales. “En otros patógenos, como la gripe, el virus es capaz de encontrar maneras de escaparse. Vamos a monitorizar las mutaciones de este coronavirus para ver si aparecen nuevos genotipos. En la comunidad de Madrid, por ejemplo, estudiaremos la asociación entre esas mutaciones, la severidad de los síntomas y la mortalidad”, precisa Comas. Disponer de esta información es vital para desarrollar vacunas y tratamientos terapéuticos eficaces, para superar las resistencias de un virus que, según los datos recabados hasta la fecha por la comunidad científica, no tiene una tasa de mutación demasiado elevada en comparación con otros patógenos de su clase.

Según el biólogo, las diferencias genéticas y las mutaciones también son relevantes para el diagnóstico certero de la enfermedad, basado en las pruebas PCR (reacción en cadena de la polimerasa, por sus siglas en inglés), un sistema que identifica “una región muy conservada” del virus. “Si hay mutaciones, la sensibilidad se puede reducir y afectar al diagnóstico”, asevera Comas, que insiste, por ello, en la necesidad de monitorización con tecnología a tiempo real.

El colíder de este proyecto, en el que también participa la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica (FISABIO) de la Generalitat Valenciana, explica que el estudio no se ha podido desarrollar antes porque los científicos no tenían acceso “a la secuencia del genoma completo”. “Hasta la fecha, disponíamos solo de fragmentos, con lo que se corría el riesgo de que fueran todos iguales. Ahora, con el genoma completo, podemos ver las diferencias con mucha resolución. Tenemos muchas muestras, ha habido un cambio de resolución y escala a un coste bajo en términos epidemiológicos”, apunta.

El análisis de las primeras 4.000 muestras, la fase inicial de la investigación, permitirá disponer de “una foto temprana” de la evolución de la epidemia en las primeras semanas. “En España se han diagnosticado más de 200.000 casos y probablemente sean muchos más, hasta diez veces más. El Instituto de Salud Carlos III lo está estudiando. Cuando veamos la prevalencia saldrán más de los que tenemos ahora, por lo que una muestra de 4.000 no es muy representativa. Con 20.000 sigue habiendo una fracción de casos no estudiados, pero permite estudiar el brote a mayor resolución”, dice Comas, que reconoce que el elevado número de pacientes asintomáticos o con síntomas leves puede distorsionar los resultados, aunque la investigación tendrá en cuenta esos parámetros y, para ello, se apoyará en proyectos complementarios.

El doctor en Biología admite que las técnicas de secuenciación de material genético, aunque “han mejorado mucho”, tienen aún algunas limitaciones, por lo que algunas muestras que no reúnan la calidad suficiente no se podrán analizar. Comas recuerda que, en muchos casos, se trata de “remanentes”, de muestras que utilizan los centros hospitalarios para diagnosticar los casos sospechosos y que, posteriormente, guardan en previsión de que necesiten ser analizadas.

El consorcio de investigación está aún en fase de reajuste tras la llegada de nuevos fondos. El proyecto contempla que todos los datos obtenidos sean públicos, de libre acceso, volcados a plataformas científicas. “Nos estamos ligando a otros estudios, generando una especie de consorcio paraguas con otros países que nos permitirá compartir la información y depositarla. Si queremos saber sobre los primeros casos, debemos ponernos en contacto con los países de dónde venían las secuencias. Nos darán una foto global que permita entender qué ha pasado en España”, justifica el científico, que prevé que en el plazo de un mes y medio se puede publicar un primer informe sobre la oleada inicial para después elaborar modelos más complejos, con mayor profundidad, una tarea que, vaticina, les llevará por lo menos cinco meses.

“En España hay muy pocos estudios de secuenciación microbiológica. Lo ha hecho algún hospital, que ahora se ha unido a nuestro consorcio. En otras partes, como el Reino Unido, sí se están haciendo”, cuenta Comas. ¿La diferencia? El proyecto británico tiene una financiación de 25 millones de euros, diez veces más de los fondos con los que cuenta el español.