Josep Quer, investigador: “Secuenciar el genoma del coronavirus permite dibujar un mapa para saber cómo atacarlo”

Los investigadores del Hospital del Vall d’Hebron de Barcelona han logrado secuenciar el genoma completo de dos cepas del coronavirus de dos pacientes, lo que permitirá comparar las secuencias entre diferentes enfermos y países para ver cómo el virus ha ido cambiando a medida que se extiende entre la población. Uno de los responsables del proyecto es el doctor Josep Quer.

¿Qué significa secuenciar el genoma del coronavirus?

En el genoma está toda la información que necesita el virus para infectar a una persona, transmitirse y causar la enfermedad. Toda esta información está escrita en código genético en su material genómico en forma de ARN [tipo de información genética]. Secuenciar el genoma del virus permite conocer mejor cómo es y afrontar distintas estrategias y objetivos.

¿Con qué secuencias comparan la que han obtenido en el Vall d'Hebron?

La secuencia que hemos identificado en el Vall d'Hebron la comparamos con otras secuencias de otros hospitales de España y del mundo. En repositorios como GISAID tenemos subidas 50 secuencias de España, del Carlos III y la Paz de Madrid, de Valencia y del Irsi Caixa, y 3.200 de hospitales y centros de investigación de todo el mundo.

¿Se podrá saber cómo y cuándo se han ido produciendo las mutaciones del virus desde China?

Sí. Podremos trazar cómo ha sido la entrada del virus en nuestro país. La secuencia nos permite ver las pequeñas mutaciones del virus que se van produciendo. Tener la secuencia del brote actual nos permitirá además saber los cambios futuros si, como se prevé, el virus baja su incidencia y queda como un virus estacional. Los virus estacionales son los resfriados de octubre a diciembre que tenemos, que son de cuatro especies distintas; de diciembre a marzo tenemos la gripe y después los virus de las diarreas.

Este coronavirus, que es nuevo, nadie en todo el planeta lo había visto ni había entrado en contacto con nadie. Por esto el virus pudo expandirse tan rápido. Al infectar el primer paciente en China no había nadie en el mundo inmune a él. Cómo evolucionará el virus después de este brote no lo sabemos, pero teniendo la secuencia del brote actual con su patogenia permitirá compararlo con el que pueda aparecer más adelante y tomar medidas de prevención.

Por lo tanto en el futuro disponer de la secuencia del el genoma del virus cobrará mayor importancia para predecir su comportamiento.

Sí, la secuenciación nos puede servir para prever recurrencias de brotes del virus en el futuro. Es muy importante, y es otro de los objetivos que tenemos en el laboratorio, estudiar la variabilidad del virus. Estudiar la variabilidad del virus es importante no solo para ver dónde muta el virus sino también para ver dónde no muta nunca, es decir, qué es lo que es esencial para el virus y qué no cambia. Estas zonas son las propensas para ser dianas terapéuticas, es decir, para ser el objetivo del diseño de antivirales y de las vacunas.

La secuenciación es una de las vías para dibujar el mapa del virus y saber cómo atacarlo, junto a otras investigaciones como los estudios de las proteínas del virus y cómo interactúan con la célula, los que estudian el receptor del virus o cómo lo hace para entrar en el cuerpo, así como los estudios de líneas celulares o modelos animales.

¿En qué medida la secuenciación del genoma y la variabilidad del virus son importantes de cara a la vacuna contra el virus?

Nosotros damos las herramientas de apoyo para los que diseñan vacunas y antivirales. Ahora mismo las dos herramientas que necesitamos son los tratamientos antivirales y las vacunas. Los primeros son la acción directa para ayudar a la respuesta inmune del paciente con COVID-19 a eliminar el virus, y las segundas se necesitan para dar inmunidad a la gente que no está infectada. Para el diseño de vacunas siempre hay que buscar zonas del genoma muy conservadas y que el virus no varíe.

Nosotros trabajamos con enfermedades hepáticas y estamos centrados en la hepatitis C, y ahora nos hemos puesto al servicio del departamento de microbiología, liderado por el doctor Tomàs Pumarola, y del doctor Andrés Antón, experto en virus respiratorios. En virus con mucha variabilidad como la hepatitis C, las vacunas no han tenido éxito porque es un virus mucho más variable que el coronavirus, es peor porque escapa y tiene muchas variantes. Lo que pretendemos con el coronavirus es estudiar su variabilidad para estudiar las regiones del virus hacia donde dirigir las vacunas y la respuesta inmune al virus.

¿Les mutaciones en la secuencia del virus pueden explicar la aparente falta de efectividad de los fármacos que se han utilizado hasta ahora?

De momento está todo en ensayos clínicos y lo que se usan son antivirales que se utilizaban para otros virus. Ahora hay una investigación muy importante de inhibidores específicos de este virus. Por ejemplo la secuencia se puede usar para estructuras secundarias de la proteína y buscar qué antivirales se enganchan allí. Ya se hizo con la hepatitis C y se desarrollaron antivirales que bloquearon el virus y no dejaron que se replicara, que ha sido el gran éxito de la hepatitis C. Esto es lo que se está haciendo ahora, buscar terapias específicas para bloquear la actividad del virus. Pero se necesita tiempo.

¿Puede haber una diferencia de las cepas de virus entre países o incluso entre regiones?

Sí, incluso entre pacientes. En una infección viral hay básicamente dos actores: el paciente, con su respuesta inmune, y el virus. En este caso el virus se tiene que adaptar a cada paciente y los pacientes pueden tener pequeñas diferencias. Con la patogenia pueden estar implicados tanto factores del paciente como del virus y por eso hay que hacer estudios muy completos con muchos pacientes para buscar relaciones entre mutaciones y cambios en el virus.

¿Se ha descubierto ya algún cambio clave en la mutación de virus?

No consta pero cada día van surgiendo nuevos trabajos y mañana puede salir algo. Todo el mundo está buscando una mutación del virus que explique su mayor patogenia. Pero de momento la secuencia indica que no hay muchos cambios, y esto da esperanzas para que la vacuna sea más efectiva.

¿Por qué?

Porque cuantos menos cambios, más números tiene la vacuna para funcionar. Parece que este es un virus que varía muy poco en comparación con la hepatitis C, que es muy cambiante. Pero igualmente hay que contextualizarlo: no varía porque no le ha hecho falta. Desde que entró en la gente el virus se ha encontrado a toda una población que no tiene memoria ni respuesta inmune al virus, por lo tanto no ha tenido presión selectiva para variar. A la que comiencen a entrar antivirales y vacunas tendremos que ver su inmunidad y qué es capaz de hacer el virus para aumentar su tasa de mutación.