El control de variantes del SARS-CoV-2 es imprescindible en la lucha contra la Covid-19

Vivir una pandemia ofrece la rara oportunidad de ver la evolución actuando a tiempo real. La aparición de nuevas mutaciones del virus SARS-CoV-2, por ejemplo, es directamente proporcional a la cantidad de personas infectadas en una población, aunque la detección de nuevas variantes del virus depende del esfuerzo que se haga. Detectar una nueva versión del virus en una persona infectada supone leer el genoma vírico para encontrar cambios en la secuencia genética original, la que tenía el primer genoma identificado del virus. Esto se hace mediante una técnica llamada secuenciación, que consiste en leer, mediante análisis bioquímicos, los nucleótidos (las piezas esenciales del material genético que se representan por una letra) que componen su ARN. Dado que las variantes más preocupantes son las que afectan a la proteína del virus llamada Spike (la “ganzúa” molecular que le permite acceder a nuestras células), gran parte del esfuerzo de detección de variantes se centra en la lectura de las casi 4000 letras que codifican la síntesis de esta proteína. 

Las desorbitadas olas de infecciones que hemos vivido durante el otoño-invierno de 2020-21 han desencadenado la aparición, cada vez más acelerada, de nuevas variantes. A las ya popularizadas por los medios de comunicación como la británica, la sudafricana o la brasileña se están sumando otras que preocupan profundamente a los especialistas. El virus está mutando y si alguna de las mutaciones aumenta su capacidad de infección, se irá extendiendo debido al inexorable proceso de la selección natural, lo que hará que combatirlo y erradicarlo se haga cada vez más complejo. Las innovaciones en la proteína Spike no solo favorecen que el virus sea mucho más eficiente en el proceso de infección. También pueden hacerle capaz de evadir (hasta ahora solo parcialmente) nuestro sistema inmune. Sería entonces un virus que elude nuestras defensas y que podría, por la misma razón, reducir la eficacia de las vacunas ya desarrolladas. En este sentido, es especialmente preocupante la aparición de la variante brasileña (P.1), que arrasó la ciudad de Manaos y que se ha expandido ya a varias decenas de países: no solo es más contagiosa, también es capaz de evadir la respuesta inmunitaria de infecciones anteriores (es decir, puede infectar a personas ya recuperadas de infecciones previas por otras variantes del  virus).

No es la única variante que está generando problemas. La variante californiana (B.1.427/B.1.429) presenta varias mutaciones muy preocupantes en su proteína Spike. Una de ellas en particular, la L452R (producto de un cambio en una sola letra), se encuentra en la zona de unión del receptor que el virus usa para entrar en las células humanas (el llamado ACE-2), lo que podría hacer más eficiente la infección y más transmisible el virus. Aún se está valorando si esta mutación consigue reducir la eficacia de nuestras defensas, lo que se conoce como una mutación de escape. Aunque los ensayos para comprobarlo aún se están llevando a cabo, las primeras evidencias apuntan a que se trata de una variante potencialmente  peligrosa. A la californiana se suman otra detectadas en las últimas semanas, como la variante neoyorquina (B.1.526), con varias mutaciones que incluyen la E484K (también presente en las variantes sudafricana y brasileña); o la variante mejicana (B.1.1.222), con la mutación T478K. Estas variantes surgieron hace algunos meses, pero han llamado ahora la atención por estar mucho más extendidas.

La detección de estas variantes está teniendo consecuencias alarmantes. En un hospital infantil en Washington DC, por ejemplo, han encontrado un recién nacido que presentaba una concentración de SARS-CoV-2 en sus vías respiratorias 51.418 veces mayor que la encontrada normalmente en los pacientes pediátricos. En este bebé se ha detectado una mutación no identificada antes, la N679S, producida también por el cambio de una sola letra. Aunque la evidencia no es aún concluyente, preocupa mucho la posibilidad de que la altísima carga viral esté relacionada con esa mutación. Más aún porque se han producido casos de infecciones graves en niños en distintos puntos del planeta, y se desconoce si están asociadas a variantes del virus como la de Washington. Preocupan también estas variantes por la rapidez con la que se han extendido por la población infantil de otros países, como es el caso de la inglesa. Por desgracia, y en un marco de fuertes restricciones presupuestarias para el seguimiento y tratamiento de la pandemia, la vigilancia epidemiológica no considera prioritario secuenciar los virus procedentes de niños – que hasta ahora se consideraban relativamente inmunes a sus efectos. Pero la premisa de que los más jóvenes no padecen formas graves de Covid-19 podría dejar de tener validez frente a las innovaciones evolutivas del patógeno. Esto es especialmente relevante si consideramos que las vacunas no están indicadas para pacientes infantiles, para los que no se planea todavía la vacunación, y que ni siquiera han sido ensayadas para su rango de edad. El infantil se trata de un frente tan inesperado como temible de la Covid-19.

Con la aparición de tantas y tan diversas variantes surge la posibilidad de que procesos poco comunes en los coronavirus, como es el cambio antigénico: la recombinación de dos o más variantes diferentes que generan linajes nuevos potencialmente más peligrosos. Con tantísimos casos activos y cada vez más variantes en circulación, es cada vez más probable que se puedan producir recombinaciones de distintas variantes que contagien al mismo sujeto. De hecho, ya se ha documentado el primer caso de este proceso de recombinación en California. Aunque se trate (por ahora) de un caso aislado, la aparición de recombinaciones en la región en la que conviven la variante californiana y la británica (B.1.1.7) es muy preocupante. 

Los numerosos interrogantes sobre cómo funciona y cómo evoluciona este virus hacen que lo más prudente sea mantener una vigilancia férrea sobre el surgimiento de nuevas variantes. Algo que no se ha hecho hasta la fecha. Para hacerlo, es imprescindible fortalecer y agilizar mucho los servicios de secuenciación y genotipado, extendiéndolos a muestras mucho más amplias de la población infectada. No se puede comprender lo que ocurre con las personas que se reinfectan sino se conservan las muestras del virus de la primera y segunda infección, se secuencian genéticamente y se comparan. Gran parte del terrible caos y las situaciones de angustia que se vivieron y aún se viven en Brasil se deben a la falta de medios y a la incapacidad material de tomar muestras, en una situación dantesca donde no había oxígeno para todos los pacientes graves y crecía la saturación tanto en centros sanitarios como en cementerios. Identificar, contabilizar y caracterizar la aparición y expansión de las distintas variantes del virus con rapidez es imprescindible para evaluar su riesgo, tomar medidas contundentes para contener las más peligrosas y, si es necesario, ajustar el diseño de las vacunas para incorporarlas a las nuevas vacunaciones o como dosis de refuerzo.

España, que está entre los países del mundo que más SARS-CoV-2 secuencia, no llega a secuenciar el 0.1% de los casos. Un número muy inferior al recomendado por la Unión Europea, que es de un 5-10% de las muestras positivas. Urge, por tanto, reforzar de forma sustancial los servicios dedicados a esta labor. El Ministerio de Sanidad ya prepara un plan de secuenciación a nivel nacional que podría dar respuesta a estas necesidades, pero aún se encuentra en una fase embrionaria. El objetivo de este programa sería el de secuenciar el 1-2% de los casos positivos. Diez veces más de lo que se hace ahora y diez veces menos de lo que sería recomendable. Un objetivo a nuestro alcance si conseguimos reducir drásticamente el número de casos, pero un objetivo imposible si volvemos a permitir que se disparen los contagios. 

Conviene recordar lo frágiles que son los mimbres sobre los que se apoya todo nuestro sistema de detección, estudio y prevención de esta pandemia, incluyendo el desarrollo de vacunas. Actualmente el 60% de las secuencias de SARS-CoV-2 realizadas en nuestro país se analizan en el centro de investigación Fisabio, de Valencia, por un grupo de apenas una docena de personas dirigidas por la doctora Llucía Martínez –en el que, excepto ella, todos los trabajadores tienen una situación laboral precaria–. Una situación que, por ser común en nuestro país, no deja de ser completamente inaceptable y, frente a una crisis de éstas características, incluso suicida. Es difícil enfatizar más, a estas alturas de la pandemia, lo imprescindible y urgente que es reforzar la investigación y el seguimiento involucrando más equipos, más centros, más medios, más personas y contratos más estables que permitan al personal concentrar todo su talento en este trabajo vital para todos. El insoslayable esfuerzo de financiación, que lleva ya décadas de retraso, solo funcionará si además se eliminan los innumerables obstáculos burocráticos, que no han hecho sino crecer en la última década hasta bloquear por completo el funcionamiento del sistema. Como decíamos hace ya ocho años, falla la financiación, no el rendimiento científico. 

Vigilar es imprescindible, pero no suficiente. Mientras no se complete el proceso de vacunación hasta alcanzar la inmunidad de grupo, un proceso que probablemente tarde más de un año, es esencial que volvamos a tomarnos en serio la aplicación de medidas preventivas, como se está explicando con insistencia. En primer lugar, hay que reducir drásticamente el número de casos en nuestro país y mantenerlo lo más bajo posible. No hay que olvidar que hay una correlación clarísima entre el número de casos en cada país y la frecuencia de aparición de nuevas variantes. La actitud insolidaria de ciertos sectores y algunos gobiernos debe cesar ya, porque nos está poniendo en riesgo a todos. En segundo lugar, debemos limitar severamente la apertura de fronteras a viajeros de todo el mundo. Los desplazamientos a larga distancia favorecen el flujo de distintas variantes, su encuentro y mezcla en las poblaciones de todo el planeta, su posible recombinación y la rápida expansión de las que tengan éxito. Este riesgo es particularmente elevado cuando los viajeros provienen de países cuyos gobiernos siguen sin tomar medidas efectivas para controlar la pandemia, como Brasil, Reino Unido, Suecia, la República Checa, Hungría, varios estados de EEUU – o la propia España.

Sabemos que el agotamiento físico y mental, el sufrimiento económico y el desánimo ante el comportamiento irresponsable de nuestras élites (el llamado “efecto Cummings”) hacen cada vez más impopulares las llamadas a la precaución y la prudencia. Pero la emergencia de una supercepa en las condiciones actuales es una posibilidad cada vez más probable. No hace falta explicar los riesgos de que tal cepa apareciera en algún país.

Vivir una pandemia ofrece la rara oportunidad de ver la evolución actuando a tiempo real. La aparición de nuevas mutaciones del virus SARS-CoV-2, por ejemplo, es directamente proporcional a la cantidad de personas infectadas en una población, aunque la detección de nuevas variantes del virus depende del esfuerzo que se haga. Detectar una nueva versión del virus en una persona infectada supone leer el genoma vírico para encontrar cambios en la secuencia genética original, la que tenía el primer genoma identificado del virus. Esto se hace mediante una técnica llamada secuenciación, que consiste en leer, mediante análisis bioquímicos, los nucleótidos (las piezas esenciales del material genético que se representan por una letra) que componen su ARN. Dado que las variantes más preocupantes son las que afectan a la proteína del virus llamada Spike (la “ganzúa” molecular que le permite acceder a nuestras células), gran parte del esfuerzo de detección de variantes se centra en la lectura de las casi 4000 letras que codifican la síntesis de esta proteína. 

Las desorbitadas olas de infecciones que hemos vivido durante el otoño-invierno de 2020-21 han desencadenado la aparición, cada vez más acelerada, de nuevas variantes. A las ya popularizadas por los medios de comunicación como la británica, la sudafricana o la brasileña se están sumando otras que preocupan profundamente a los especialistas. El virus está mutando y si alguna de las mutaciones aumenta su capacidad de infección, se irá extendiendo debido al inexorable proceso de la selección natural, lo que hará que combatirlo y erradicarlo se haga cada vez más complejo. Las innovaciones en la proteína Spike no solo favorecen que el virus sea mucho más eficiente en el proceso de infección. También pueden hacerle capaz de evadir (hasta ahora solo parcialmente) nuestro sistema inmune. Sería entonces un virus que elude nuestras defensas y que podría, por la misma razón, reducir la eficacia de las vacunas ya desarrolladas. En este sentido, es especialmente preocupante la aparición de la variante brasileña (P.1), que arrasó la ciudad de Manaos y que se ha expandido ya a varias decenas de países: no solo es más contagiosa, también es capaz de evadir la respuesta inmunitaria de infecciones anteriores (es decir, puede infectar a personas ya recuperadas de infecciones previas por otras variantes del  virus).