El portavoz de Batasuna que desde 1998 lideró el intento de final dialogado de ETA permanece encarcelado en la prisión de Martutene (San Sebastián) desde el 7 de junio de 2007, justo el día siguiente al que la banda rompió su última tregua.
Otegi, que ha hecho una vida discreta en la cárcel y se ha dedicado a aprender inglés, mantiene distancias con la estrategia de la dirección de ETA y, cuando recupere la libertad, pretende estar en segunda fila. A su vez, el perfil de Otegi, portavoz del proceso de paz, tampoco cuenta para una dirección de la izquierda abertzale radicalizada y en la clandestinidad, surgida tras la ruptura de la tregua.
Igual que otros históricos de la izquierda abertzale, Arnaldo fue muy crítico, en privado, con el asesinato por parte de ETA del ex edil socialista de Mondragón (Guipúzcoa) Isaías Carrasco, el 7 de marzo. Había hecho desde su cargo de portavoz una fuerte apuesta para lograr el fin dialogado de ETA, primero con los partidos nacionalistas y luego con el Gobierno. Pero nunca ha querido expresar en público sus diferencias con la dirección de la banda.
Otegi procede de ETA político-militar, en la que militó hasta los inicios de los años 80. Nunca estuvo de acuerdo con la manera en que se disolvió esa organización y discrepó de las declaraciones de su brazo político, Euskadiko Ezkerra (cuyos portavoces fueron Juan María Bandrés y Mario Onaindia), sobre la continuidad de ETA político-militar. Siempre ha defendido, y ahora mantiene la misma tesis, que estas cuestiones hay que dirimirlas en los ámbitos internos y no llevarlas al debate público. De ahí que no quepa esperar ninguna declaración crítica suya hacia la actual estrategia de ETA cuando salga de la cárcel.
El riesgo de volver a ser detenido, tras la ilegalización de la organización de la que ha sido portavoz, también pesa en su decisión de alejarse de la primera línea. Su arresto el 7 de junio de 2007 fue para cumplir una condena de 15 meses impuesta por la Audiencia Nacional por haber participado en un homenaje al dirigente de ETA José Miguel Beñarán, Argala, asesinado el 21 de diciembre de 1978 por la extrema derecha. Aún le quedan pendientes otros tres procesos.
Su estancia en la cárcel ha pasado muy desapercibida. No ha habido movilizaciones del entorno de ETA para reclamar su liberación. Ese entorno ha argumentado que “no hay por qué privilegiar a nadie de los centenares de abertzales encarcelados”. Otros medios han interpretado ese silencio como una prueba de la desconfianza de ETA hacia él.
Otegi sí ha recibido en prisión a significados políticos vascos, como el líder del sindicato ELA, José Elorrieta, y el ex líder de LAB Rafael Díez Usabiaga, que fue uno de sus principales valedores en la apuesta por el fin dialogado de ETA. También le visitó una representación del Sinn Fein y del IRA, organizaciones que avalaron el proceso de paz y criticaron a ETA por su ruptura.