Entre las iniciativas inscritas en el programa de salud escolar, La Rioja cuenta con un protocolo de vacunación infantil que se inicia a los 2 meses de edad y que prosigue en la edad escolar del niño. Las vacunas del programa de Salud Escolar las aplica en los colegios personal especializado, que se desplaza hasta los centros escolares.
Están incluidos chavales de entre 6 y 14 años, y tiene como objetivo completar el calendario vacunal en aquellas dosis que están pendientes, con objeto de combatir diferentes enfermedades como Difteria, tosferina y tétanos (para los de 1º de Primaria, de 6-7 años, y 2º de la ESO, de 13 y 14 años), y la varicela (para los de 2º de la ESO, de 13 y 14 años).
Otra de las actuaciones del Programa de Salud Escolar consiste en el fomento del empleo de flúor y la mejora de la higiene bucal. Para ello, Salud administra en los centros escolares neceseres con el contenido necesario para que realicen semanalmente, durante todo el curso escolar, los colutorios de flúor en el domicilio, bajo la supervisión del padre o de la madre, y los materiales necesarios para un correcto cepillado dental.
El resto de actuaciones previstas en el programa corresponden a diferentes actividades cuyo objetivo es la promoción de hábitos saludables y la prevención del consumo de sustancias nocivas para la salud. Van dirigidas a los alumnos a partir de 4º de Primaria (10-11 años) hasta Bachillerato (16 años).
Se trata de una serie de sesiones informativas y talleres prácticos que se llevan a cabo en las aulas y persiguen informar, motivar y ayudar a estos escolares, muchos adolescentes, a mantener prácticas y estilos de vida saludables proporcionándoles competencias y habilidades con las que hacer frente a retos y situaciones que se les van presentando.