El minuto de silencio para los diputados que fallecen en ejercicio no se ha aplicado a diputados que fallecían fuera del periodo de sesiones, pero sí con aquellos cuya muerte coincidía con ese periodo. No es habitual que se haga con senadores, como era el caso de Rita Barberá.
En cuatro ocasiones en la democracia se ha celebrado un minuto de silencio en el Pleno para homenajear a representantes que fallecieron durante el cargo. Baldomero Lozano, diputado del PSOE fallecido en 1979, Manuel Sánchez Ayuso, diputado del PSOE que falleció en 1982, Josu Muguruza, de Herri Batasuna asesinado en un atentado en 1989, y Txiki Benegas, del PSOE y fallecido en agosto de 2015, son los únicos que han recibido el simbólico minuto de silencio en el Pleno.
Otros diputados como los populares Gabriel Cisneros, Francisco José Villar, Rogelio Baón o Alejandro Ramírez no recibieron el mismo homenaje que su compañera de partido Rita Barberá. En los cuatro casos, los fallecimientos se produjeron cuando ya había terminado el periodo de sesiones del Congreso y no había actividad parlamentaria. En los casos de Rogelio Baón y Francisco Villar el fallecimiento fue en fechas previas a las elecciones generales de 2008 y 2011, respectivamente.
Gabriel Cisneros, considerado uno de los padres de la Constitución y diputado con UCD y el PP, murió de cáncer el 27 de julio de 2007, solo un día después del último pleno del periodo. Se instaló la capilla ardiente en el Congreso como homenaje por haber sido uno de los redactores de la Constitución. En la siguiente sesión plenaria, dos meses después, no hubo minuto de silencio, pero recibió los aplausos de la Cámara tras un breve discurso del diputado del PP Pablo Matos.
Los otros diputados fallecidos en el ejercicio no fueron mencionados en la siguiente sesión plenaria. El popular Alejandro Ramírez, diputado desde 2008, falleció en agosto de 2016, en plenas negociaciones de Gobierno y sin actividad parlamentaria. En el primer pleno de la nueva legislatura, siete días después de su fallecimiento, no hubo mención a su figura.
Por otro lado, en otros órganos del Congreso sí se han guardado minutos de silencio por diputados fallecidos en el cargo. En la Comisión de Fomento y Vivienda se guardó un minuto de silencio por Alfonso Perales Pizarro, diputado del PSOE e histórico dirigente socialista, fallecido en diciembre de 2006.
También el popular Roberto Soravilla fue homenajeado con un minuto de silencio en la Comisión Mixta de las Cortes Generales (Congreso y Senado) para la Unión Europea, donde era portavoz. Soravilla, diputado del PP, recibió el homenaje tres días después de su fallecimiento el 21 de septiembre 2012.
En el Congreso de los Diputados sí se han realizado minutos de silencio en repulsa de atentados terroristas, tragedias colectivas o en contra de la violencia de género. También otros políticos han recibido este homenaje. En 2014, se guardó un minuto de silencio en memoria de Isabel Carrasco, presidenta de la Diputación de León con el PP, asesinada por una antigua colaboradora.