En 1984 comienza su carrera en televisión. Por supuesto, en Televisión Española, la única que había entonces. Su primer triunfo se llamó La tarde. Poco después, el periodista de Palma de Río(Córdoba) viajó a Miami, donde estableció su residencia y presentó un programa, intentando triunfar también al otro lado del charco. De regreso a España se instaló en Canal Sur para conducir el programa semanal Por fin Viernes, para luego volver a Televisión Española donde presentó el matinal El día por delante, recogiendo el éxito de Jesús Hermida en esa franja horaria.
Después de jugar al trivial, también en la pública, en el año 1992, Navarro emigró a Antena 3 para encargarse también de la banda matinal. Primero con Vivir, vivir, que bonito y después con Todo va bien, mantuvo un alto porcentaje de seguimiento; incluso superó a María Teresa Campos, en su primera época en la mañana de La Primera. Además supuso el nacimiento de entrañables y míticos personajes como Pepelu, y el empezar a ver la luz para actores como Carlos Iglesias y Maribel Ripoll. Navarro volvió al horario de máxima audiencia para conducir un magacín en la noche de los sábados, Estamos todos locos, que no se mantuvo mucho tiempo en antena, pese a tener un índice de seguimiento nada despreciable, y que sirvió a Navarro para empezar a experimentar la fórmula de su exitoso Esta noche cruzamos el Mississippi. Después llegó la segunda etapa de El Gran Juego de la oca, en la que el comunicador mantuvo gran parte de la audiencia que dejó Emilio Aragón en la primera etapa del concurso, dándole su estilo y personalidad conjugado con la presencia de Ivonne Reyes y Eugenia Santana. Un fenómeno social llamado Mississippi En septiembre de 1995 saltó a Telecinco para presentar el que seguro ha sido el gran éxito de su carrera, Esta noche cruzamos el Mississppi.
Nadie podría pensar por aquella época, que este magacín nocturno llegaría tan lejos ,al menos, a juzgar por sus resultados iniciales, siempre inferiores al 20 por ciento de cuota de pantalla. Pero se produjo el milagro. La reaparición de personajes como Pepelu, la Reme, Rambo, etc... empezó a enganchar cada vez más a los espectadores con insomnio que se ponían a ver la televisión. Tanto éxito tuvo Navarro, que el resto de las cadenas, en especial Antena 3 fueron incapaces de hacerle frente. El Efecto f, del mejor actor que presentador, Francis Lorenzo, fue el claro ejemplo de la dificultad de vencer al enemigo con sus mismas armas, y de que “si no puedes con él, únete a él”. En la primavera de 1997 Antena 3 decidió que la mejor forma de competir con Pepe Navarro era “no compitiendo” con él y anunció el fichaje del periodista a bombo y platillo, para que se hiciera cargo de un nuevo programa de noche, de corte similar a Esta noche cruzamos el Mississippi, que fue titulado La sonrisa del pelícano.
Telecinco, por su parte, cubrió su baja con el radiofónico Javier Sardá. Nadie confiaba mucho en él, viendo la competencia que hasta ahora había tenido, y quizá porque se esperó más de lo mismo. Pero ahí llegó la sorpresa. Crónicas Marcianas comenzó en Telecinco con un formato totalmente distinto a La sonrisa del Pelícano, que dio buen resultado pero que era incapaz de superar al veterano periodista, que seguía prácticamente el mismo esquema que en el Mississippi. El 1 de diciembre de 1997, con la audiencia a su favor pero en compañía de la polémica, como siempre había sido, Antena 3 se inventa una 'Defensora del telespectador' encarnada en Consuelo Álvarez de Toledo y cancela de forma precipitada su programa, con sólo unas horas de antelación a la emisión del programa. Se comenta que la causa de este inminente despido podría ser un supuesto vídeo sexual protagonizado por Pedro J. Ramírez, director de El Mundo, que Navarro iba a emitir la noche que fue despedido.
Ante la inexplicable decisión de Antena 3, Navarro interpuso una demanda contra la cadena por incumplimiento de contrato, reclamando los casi dos mil millones de pesetas que iba a cobrar por toda la temporada del programa. En las semanas sucesivas se rumoreó que Pepe Navarro aceptaría ofertas de TVE, Canal Sur e incluso de la cadena CBC de Miami. Nunca se materializó ninguna, y Navarro no reapareció hasta un año y medio más tarde. Y aunque parezca mentira, lo hizo en Vía Digital, cuyo accionista mayoritario es Telefónica, al igual que en Antena 3, con la que limó diferencias gracias a este nuevo contrato y una supuesta compensación económica por lo ocurrido. Navarro aceptó dirigir y presentar La Vía Navarro, su programa más interactivo, y con el que estaría toda la temporada. También, y gracias a esta conciliación, firmó con Antena 3 la serie Papá, que él mismo había creado para Telecinco y que, tras su salida, se rechazó. El regreso de la bestia Tras varios intentos de competir con Javier Sardá y no vencerle, Antena 3 decide re-contratar a Pepe Navarro para presentar de nuevo un late night. Como si nunca hubiese pasado nada, ambas partes convocaron una inesperada rueda de prensa minutos después de haber llegado a un preacuerdo. En la misma se anunció que la serie Papá se empezaría a grabar en breve. Y volvieron los problemas. Coincidiendo con la salida de Juan Villalonga de la presidencia de Telefónica, y la llegada de César Alierta al cargo, éste último decidió cancelar el preacuerdo firmado con Navarro, quedándose de nuevo con un programa nocturno en las manos, sin lugar en Antena 3. Sin embargo, la presencia de Navarro en la cadena quedaba asegurada con la serie Papá, que en septiembre comenzaría a dirigir producir y en enero vería la luz.
Con varios capítulos de la serie grabados, Navarro interpuso una nueva demanda contra Antena 3 por el incumplimiento del contrato del programa que pactó en verano. La historia se volvía a repetir.
Y llegado el momento de la emisión, Antena 3 la programó a las doce de la noche, como represalia a la última querella interpuesta por el periodista.
La serie nació sabiendo que estaba condenada a morir, ya que la audiencia nocturna no estaba acostumbrada a un producto familiar, por no decir infantil-juvenil, y le dio la espalda totalmente -menos del 10 por ciento de share-, y a la tercera emisión, la cadena intentó cancelarla. Pero Navarro amenazó con una nueva querella por incumplimiento de contrato- el cual obligaba a la cadena a emitir al menos cuatro episodios-. La cadena accedió y emitió un capítulo más para evitar las razonables represalias del periodista. Rotos una vez más los lazos con Antena 3, Pepe Navarro se refugió en la literatura, y fundó su propia colección bajo la cabecera de Ediciones Ekoty, que edita novelas eróticas en Internet. Actualmente Navarro también tiene una columna semanal de opinión los domingos en La Razón, y de momento no tiene previsto volver a televisión, según declaró el periodista en el programa de Pedro Ruiz, La Noche abierta, aunque no lo descarta si la propuesta es buena, y la gente con quien trabaja es de su confianza.