No cabe duda que la figura de Joseph Ratzinger, el Papa Benedicto XVI, ha calado más en la trayectoria del cardenal Antonio Cañizares, que el actual sumo pontífice Francisco. Así ha quedado demostrado en la carta publicada por el arzobispo de València para conmemorar sus 25 años como obispo, misiva en la cual llega a nombrar cinco pasajes de la huella que le ha dejado Ratzinger, mientras que al actual papa sólo lo ha nombrado cuando ha enumerado a todos los santos padres que se han sucedido durante este último cuarto de siglo (Juan Pablo II, Benedicto XVI y Francisco).
No es de estrañar esta mayor afinidad con el papa emérito alemán, ambos de talante más conservador, que con el actual papa argentino Jorge Bergoglio, quien durante estos cuatro años de pontificado ha mostrado un carácter más aperturista y tolerante. Esto ha llegado a producir fricciones con Cañizares, llegando el propio Francisco I a llamarlo a capítulo por sus palabras sobre la 'ideología de género'. El enfrentamiento no obstante ha sido de cierto modo recompensado por la Iglesia Española nombrando a Cañizares como número 2 de la institución, en perjuicio de Carlos Ososro, predecesor de Cañizares como arzobispo de València y considerado como 'hombre del Papa'.
En la misma carta Cañizares ha hecho otros comentarios con ciertos tintes políticos, cuando ha nombrado al párroco de su pueblo (Utiel) explicando que “fue perseguido en 1936, incluso llevado al tribunal para acabar con él, y que después de 1939, perdonó a quienes le acusaban injustamente y buscó la unidad y la reconciliación”.
Pero especialmente ha nombrado a un único presidente del Gobierno de España, Alfonso Suárez, abundando en la líndea de que con él “fue posible la concordia y la convivencia en unidad entre los españoles y devolvió las libertades y los derechos humanos”, pero además tocando un tema que actualmente le enfrenta con el gobierno valenciano como es la educación privada católica, así ha señalado que Suárez “hizo posible, entre otra muchísimas cosas, las universidades Católicas en España”.