Eduardo Zaplana té una singular capacitat per a resultar gravat en investigacions judicials. Ho va ser en el sonat cas Naseiro, en l'última dècada del segle passat, centrat en el suposat finançament il·legal del PP, del qual va ser exonerat perquè els àudios de les converses amb el regidor del PP Salvador Palop van ser anul·lats com a prova pels tribunals. Emergeix entre els interlocutors d'Alejandro de Pedro en el sumari de la trama Púnica. I també en l'Operació Lezo, en la qual ha sigut gravat amb el principal imputat, l'expresident madrileny Ignacio González, avui a la presó.
L'assenyala també el jutge Eloy Velasco, que dirigeix la investigació d'aquest cas de corrupció en la gestió del Canal d'Isabel II, empresa pública que gestiona l'aigua de Madrid, per una suposada operació amb Ignacio González per a comprar en l'estranger el 50% d'una empresa que controlava els drets d'una patent de desinfecció d'aigua. Una operació que la recerca no ha pogut comprovar si va arribar a realitzar-se i que el mateix Zaplana ha desmentit públicament. “Mai he participat en fet delictiu algun”, ha indicat aquest dissabte en declaracions a El Mundo. “Mai he tingut ni tinc cap societat ni relació mercantil amb don Ignacio González”.
L'interès de Zaplana pel negoci de l'aigua, no obstant això, no és nou. És més, en els seus anys de president de la Generalitat Valenciana va intervenir activament en el conflicte pel control d'Aguas de Valencia, la companyia que acabaria obtenint un dels més importants contractes del sector en fer-se amb la concessió del servei d'aigua en alta per a 44 municipis de l'àrea metropolitana de València per 50 anys.
Al començament de segle, el govern madrileny d'Alberto Ruiz Gallardón va impulsar el projecte de privatitzar el Canal d'Isabel II, finalment frustrat. Mentre rebia en el seu despatx del Palau de la Generalitat Valenciana les parts enfrontades pel control d'Aguas de Valencia, bàsicament un grup d'accionistes valencians recolzat pel Banc de València que acabaria guanyant la batalla al grup francés Bouygues, Zaplana va albirar la possibilitat de fusionar l'empresa madrilenya i la valenciana per a crear una companyia capaç de competir amb el gegant del sector, el grup Aguas de Barcelona, amb el qual, per cert, anys després va tenir un altre conflicte Aguas de Valencia, que també va guanyar, quan el primer va comprar el 33% de l'empresa valenciana.
La idea d'una fusió d'Aguas de Valencia i el Canal d'Isabel II, que consistiria en l'assalt a la privatització de l'empresa madrilenya via l'entrada en la companyia valenciana de capital de Florentino Pérez, va anar ser poc més que un somni d'estiu, però va donar que parlar al món empresarial en els anys 2002 i 2003 i s'hi van fer ressóes van fer ressò alguns mitjans.
Moltes més pàgines va ocupar la intervenció de Zaplana el 2002 per a rellevar de la direcció d'Aguas de Valencia el conseller delegat, Aurelio Hernández, que va ser alcalde de Càrcer pel PP, a qui repescaria temps després Francisco Camps i que, via la seua amistat amb Alfonso Rus, acabaria esguitat per la investigació judicial que va fer caure al dirigent provincial de València. Zaplana va intentar llavors, i no ho va aconseguir, col·locar al capdavant de l'empresa de subministrament d'aigua Juan Francisco García, el seu excap de gabinet.
I també va intentar, fins i tot quan ja havia deixat la presidència de la Generalitat per a assumir la cartera de Treball en el Govern de José María Aznar, que Bouygues i Aguas de Valencia finançaren un grup de mitjans de comunicació afí. Els socialistes van intentar sense èxit que donara explicacions tant en el Congrés dels Diputats com en les Corts Valencianes.