El estado pésimo de conservación con vegetación en suelo y paredes del convento de San Andrés, ubicado dentro del casco urbano de Mérida, ha provocado que sea incluido en la Lista Roja del Patrimonio que elabora la asociación Hispania Nostra.
Esta lista recoge más de 1.100 monumentos españoles que se encuentran sometidos a riesgo de desaparición, destrucción o alteración esencial de sus valores.
Según esta asociación, resisten al paso del tiempo los muros de la iglesia y el convento, así como la base del claustro, rodeado de una pared para ocultarlo del exterior.
Sin embargo, en 2003 se demolieron el interior y las paredes externas de este cenobio construido entre los siglos XVI y XVII que está catalogado como Bien de Interés Cultural (BIC).
La construcción del antiguo convento se inició en 1571, sobre las ruinas de un primitivo templo parroquial que, en la segunda mitad del siglo XV se convirtió en una ermita dedicada a San Andrés, una vez anexada la parroquia a la catedral actual.
Esta asociación señala que numerosas dificultades retrasaron la construcción en el tiempo previsto, con sucesivas reconstrucciones y ampliaciones, y cuya obra no se concluyó hasta el año 1636.
Exteriormente, la fachada que cierra el complejo conventual, por la actual plaza de Santo Domingo, quedaba constituida por un amplio lienzo de muro labrado en sillería y mampuestos.
En su ala derecha, estaba formada por el testero de la iglesia; y en la izquierda por el cierre de algunas dependencias y pabellones vivideros, en el que se abrían escasos y parcos huecos, con lo que todo ello acabó resaltando como elemento más importante del muro.
Según la descripción téncnica la portada está constituida por dos pares de columnas de enfatizados tambores almohadillados, de inspiración manierista y rematada por un fuerte dintel adovelado, sobre el que se dispone un entablamento de orden toscano en el que alternan metopas decoradas con sencillos rosetones y secuencias de triglifos.
Para esta asociación, el conjunto resulta severo y sencillo, rematándose con una hornacina de estilo diferente, con elemental factura de ladrillo y cal, en la que se sitúa una imagen marmórea, de algo menos de un metro de altura, de Santo Domingo.
Interiormente, se organizaba en torno a un pequeño claustro situado detrás del modesto presbiterio, con arcos de ladrillo vistos sobre contrafuertes, travesaños, bóvedas en las bandas claustrales, y una alta galería cerrada con simples balcones y cubierta con vigas en voladizo.
También estaban presentes varios patios y un corral, huertas y otros espacios abiertos orientados preferiblemente hacia atrás como áreas de descanso.
Los espacios habitables estaban formados por secuencias de celdas, naves, almacenes y otras dependencias, generalmente recubiertas de cañón lleno, cumbreras o tabicadas, según el modelo, así como numerosos sótanos.
Tras la toma de Mérida en agosto de 1936 por las fuerzas nacionalistas iniciadoras del golpe de Estado militar, convirtieron al convento en cárcel de presos de leales a la República.