Los hinchas radicales no dejaron de perturbar el choque, y ya al inicio del segundo tiempo el árbitro noruego Svein Oddvar Moen tuvo que detener el encuentro durante tres minutos porque el lanzamiento de bengalas originó un humareda tal que impedía la visibilidad del campo.
Fue el preludio del lamentable espectáculo que tras el segundo tanto del Athletic, un zapatazo de Mikel San José en el minuto 61, ofrecieron los 'ultras' del Austria, apoyados por seguidores del Lazio que aprovecharon su estancia en Salzburgo para liarla en Viena.
El violento intento de varios de estos 'aficionados' locales de invadir el campo, frenado a duras penas por la seguridad del Horr Stadion, obligó a suspender el partido. El trío arbitral y los jugadores del Athletic abandonaron el césped ante el temor de que su integridad estuviera en peligro, y posteriormente lo hizo el conjunto vienés.
Ni la presencia policial de los antidisturbios sobre el terreno de juego amilanó a los seguidores más violentos que siguieron lanzando bengalas sobre el área de Iraizoz. Veinticinco minutos después de reanudó el choque en medio de una espesa niebla, y el Athletic sentenció con un tercer tanto.
En lo deportivo, el Athletic presentó un 'once' muy joven con tres grandes novedades en su 'once'. De un lado el estreno en la titularidad del joven central procedente del Liverpool Mikel San José, que no olvidará este día ya que además anotó su primer gol. De otro, el regreso del jovencísimo delantero navarro Iker Muniain tras casi dos meses sin participar con el conjunto bilbaíno. Y por último, Ander Iturraspe en quien Caparrós volvió a confiar tras recuperarse de su lesión.
Cuando un equipo está en la buena dinámica, como lo está el Athletic, la fortuna le acompaña. La suerte sonrió a los de Caparrós en la primera parte, donde pese a no tener ni el dominio del partido ni el control del balón, salvo en los escasos cinco minutos iniciales del partido, se fue al descanso con un gol de ventaja que le daba la clasificación automática para la siguiente ronda. Un gol, obra de Fernando Llorente, que además, fue a todas luces ilegal por posición antirreglamentaria de Javi Martínez, que se encontraba en fuera de juego.
Pero el Austria tampoco se hizo acreedor de ir venciendo en la primera mitad pese a que sus jugadores tuvieron más tiempo la pelota, porque no llegó con claridad a la meta de Iraizoz. Sólo el capitán y cerebro del equipo 'viola', el esloveno Milenko Acimovic, inquietó la meta defendida por el navarro en dos jugadas a balón parado, una en el minuto 7, y otra, la más clara, en el 30, con un potente lanzamiento de falta que se fue lamiendo prácticamente la cruceta de la portería rojiblanca.
El gol del Athletic llegó cuando nadie se lo esperaba. Una lanzamiento de falta Yeste que fue rechazado en primera instancia y se estrelló consecutivamente contra el larguero tras un buen disparo del propio centrocampista de Basauri y un cabezazo magistral de Mikel San José, acabó en las redes después de que Llorente ejecutara el peor remate de los tres.