El origen e historia de la Cofradía de la Santa Cruz arranca en el interior del colegio San José (Maristas) de Calvo Sotelo a finales de los 80, con la inquietud de varios alumnos. Fruto de la ilusión y del trabajo de alumnos, exalumnos y padres, y con el apoyo del Ayuntamiento, que cedió el paso de 'El Encuentro', la Cofradía se presentó en las calles de Logroño por primera vez en 1991.
70 cofrades formaban parte entonces de la cofradía, aunque en poco tiempo sus apoyos fueron creciendo y también sus proyectos. Desde 2007, su paso titular es el 'Stabat Mater', obra del escultor extremeño Francisco Chaparro, autor de varios trabajos en la catedral de La Almudena. Se compone de dos imagenes a tamaño natural, el Santo Cristo de la Agonía y la Virgen bajo la advocación de la Buena Madre.
Este paso procesiona durante la noche de Martes Santo en el Santo Rosario del dolor, acompañado, desde 2008, de Nuestra Señora del Rosario, obra de Manuel Madroñal. Este paso es portado por las mujeres de la cofradía.
Además, la cofradía también cuenta con el paso de 'El Encuentro', obra del imaginero Quintín de Torre y que representa el momento en que un fatigado Jesús con la Cruz a cuestas se encuentra en plena Vía Dolorosa con su madre y con una de las 'Marías', María Magdalena. Sale en la procesión del Santo Entierro, el Viernes Santo.
Este año, la Cofradía celebra su 25 aniversario con un amplio programa de actos que incluye una exposición en la fundación CajaRioja rememorando su nacimiento y recorrido.