El cuadro de honor de las ligas oficiales de la Federación Riojana de Fútbol en la temporada 2008-09 es el siguiente:
Tercera División
Campeón: Varea
Subcampeón: Haro
Regional Preferente
Campeón: Vianés
Subcampeón: Pradejón
Liga Nacional Juvenil
Campeón: Comillas
Subcampeón: Alfaro
Juvenil Territorial
Campeón: San Millán
Subcampeón: Calasancio
Primera Cadete
Campeón: Valvanera
Subcampeón: Juventud Calahorra
Segunda Cadete
Campeón: Comillas
Subcampeón: Autol
Infantil 95
Campeón: Valvanera
Subcampeón: Juventud Calahorra
Infantil 96
Campeón: Valvanera
Subcampeón: Varea
Alevín 97 (fútbol 7)
Campeón: Valvanera
Subcampeón: Villegas
Alevín 98 (fútbol 7)
Campeón: Comillas
Subcampeón: CF Logroño Tatú
Benjamín 99 (fútbol 7)
Campeón: Comillas
Subcampeón: Valvanera
Liga Territorial Femenina fútbol 11
Campeón: Valvanera
Subcampeón: At. Revellín 1521
Fútbol 7 femenino
Campeón: Valvanera
Subcampeón: Villamediana
FUTBOL SALA
Primera Nacional B
Campeón: Badarán
Subcampeón: AD Rioja Sala
Senior Masculino
Campeón: Nájera AD
Subcampeón: EDF Logroño
Liga Territorial Juvenil
Campeón: San Agustín
Subcampeón: AD Laboral