La variante india empuja la creación de tecnologías más rápidas (y baratas) para detectarla

Las vacunas han calmado nuestra preocupación por las nuevas variantes del coronavirus, pero no han desaparecido. Cada variación del SARS-CoV-2 trae de cabeza a los responsables sanitarios, puesto que su impacto en la transmisión, la virulencia e incluso el escape vacunal siempre es incierto. Así ocurrió a finales de 2020 con la aparición de la cepa británica –la B.1.1.7– justo cuando Europa sufría el peor azote de la pandemia. Se planteó que pudiera ser más contagiosa y “posiblemente más letal”, pero solo se comprobó que se transmitía hasta un 57% más rápido y que no neutralizaba las vacunas. Ahora mismo “ya es nuestra variante”, como dijo Fernando Simón, y está en más del 90% de las muestras que se analizan en España.

A raíz de este temor, España incluyó la secuenciación genómica en los planes de vigilancia de la COVID-19. El Ministerio de Sanidad comenzó en enero a analizar entre un 1% y un 2% de los casos positivos gracias a la colaboración de varios laboratorios coordinados por el Centro Nacional de Microbiología (CNM). El nuevo protocolo no trataba solo de supervisar la variante británica, sino otras que surgían de forma paralela y podían suponer un peligro real para el éxito de las vacunas, como la sudafricana y, en menor medida, la brasileña. Ninguna de las dos ha conseguido extenderse por nuestro territorio. 

La que inquieta en estos momentos a la comunidad internacional es la “india” –B.1.617.2– debido a su potencial capacidad de escapar a la vacuna y a su rápida propagación fuera del país asiático, especialmente en Reino Unido. La buena noticia es que AstraZeneca y Pfizer han presentado evidencias científicas frente a esta variante. La mala, es que la protección de la primera dosis frente a la india disminuye respecto a la británica: un 33% contra un 50%. El Ministerio de Sanidad no se ha mostrado demasiado preocupado por esta cepa, a pesar de que ha provocado 23 casos activos en España, todos ellos importados. Los últimos brotes han afectado a ocho personas en Cantabria y a otras dos en Madrid.

Con la sucesiva aparición de casos de este linaje, conviene repasar cuánto se está secuenciando España. ¿Lo suficiente para evitar un repunte ahora que las fronteras con Reino Unido vuelven a estar abiertas? La OMS recomienda analizar un 5 y un 10% de los positivos pero, según datos de Sanidad, en la última semana de la que consta registro –mediados de abril– se procesaron un poco menos de 300 pruebas. “A nivel nacional, no puedo asegurar que lleguemos al 5%, pero es lógico porque los contagios se han reducido y nos llegan menos muestras”, explica Fernando González Candelas, catedrático de Genética de la Universidad de Valencia e investigador jefe de Fisabio, organismo perteneciente al plan de Sanidad y experto en secuenciación.

España empezó siendo el primer país europeo en secuenciación genómica y sacó pecho por ello. Pero esa euforia ha quedado atrás, puesto que en menos de dos meses bajó al tercero y ahora ocupa el puesto trece. Para algunos, esto no es suficiente en un momento en el que las restricciones prácticamente han desparecido y la movilidad interna y externa recupera flujos de vieja normalidad. 

La realidad es que secuenciar es un proceso lento y costoso, y en su mayoría llevado a cabo por plantillas reducidas y profesionales con contratos precarios. “Nos llegan las muestras con un poco de retraso, así que estamos secuenciando pruebas de dos, tres o hasta cuatro semanas antes”, reconoce González Candelas. Ante esta coyuntura, los laboratorios han empezado a desarrollar tecnologías que permitan aligerar el ritmo de detección de las variantes. La más rápida es la del genotipado, puesto que en lugar de analizar todos los nucleótidos de la cadena de ADN, como hace la secuenciación, busca en el sitio donde están siempre las mismas mutaciones. 

El genotipado no es novedoso y ya se ha utilizado en nuestro país para la detección de la variante británica, pero hay pocos instrumentos que permitan vigilar el linaje indio. Uno de ellos lo tiene la multinacional Eurofins, con sedes en España. El laboratorio se ha reunido con Sanidad para presentarles su “termociclador”, un test rápido de genotipado que detecta en pocas horas las cuatro mutaciones principales: británica, sudafricana, brasileña e india. Por el momento Francia y Alemania estarían usando este tipo de tecnología, que no está tan extendida como la secuenciación. Pero su intención es que se incluya en el protocolo de detección nacional como paso previo al análisis del ADN, aunque Sanidad no ha respondido a las preguntas de este diario al respecto.

“La secuenciación es una tecnología bastante compleja, cara y que necesita equipamiento tecnológico y profesional de alta cualificación: no está al alcance de todos”, explica Mamen Sánchez, responsable de Eurofins Megalab, la rama que ha desarrollado el termociclador. “Además, lleva un decalaje de una semana”, abunda. Por el contrario, el test de genotipado “permite tener al día siguiente una foto epidemiológica muy detallada a partir de una PCR, lo que aumentaría la capacidad de reacción”, explica la responsable.

Frente a los 250.000 euros que cuesta una máquina de secuenciación, Eurofins asegura que su tecnología “no sobrepasa los 30 o 40 euros” y que se la ofrecerían a servicios públicos como hospitales o centros de salud. “No tenemos ansia de hacerlo nosotros. Hemos ofrecido la posibilidad de desarrollarlo y de llevarlo a cabo, ya que tenemos 20 laboratorios COVID en toda España, pero si ellos tienen la capacidad, los técnicos y los equipos, les podemos dar solo el kit”, desvela Sánchez. 

“Tampoco pretendemos sustituir la secuenciación, porque tiene su papel y es una tecnología muy potente a la hora de identificar nuevas mutaciones. Pero lo que no tiene sentido es que se haga una secuenciación de entrada a los casos positivos”, continúa. “Nosotros hacemos un screening previo, una prueba rápida y barata, e identifico las variantes más comunes. Y si no aparecen ninguna de esas tres o cuatro variantes, ahí sí que hago la secuenciación. Eso sería una vigilancia epidemiológica completa”, argumenta.

El mundo del diagnóstico no es hacer lo que quieres cuando quieres. Hay que validar todas las pruebas incluyen procesos complejos de trazabilidad, registro y repercusiones legales por si da un resultado erróneo

Fernando González Candelas — Investigador jefe de secuenciación en Fisabio

Por contra, Fernando González Candelas cree que “no es fácil incluir una etapa adicional a los laboratorios de microbiología”. “Desde un punto de vista de vigilancia del virus puede ser interesante, pero a la hora de implementarla, esta prueba intermedia cambia la rutina y trastoca mucho el trabajo”, señala. Por otro lado, desde Eurofins son conscientes de que, para empezar con el genotipado, habría que modificar dos protocolos: la Estrategia de Detección Precoz del COVID y el protocolo de integración de la secuenciación genómica, ambos aprobados por la Comisión de Salud Pública de las Comunidades Autónomas.

“El mundo del diagnóstico no es hacer lo que quieres cuando quieres”, critica Candelas. “Hay que validar todas las pruebas porque el diagnóstico es un procedimiento muy complejo que incluye trazabilidad, registro y repercusiones legales por si la prueba da un resultado erróneo”, explica el responsable de Fisabio. Aun así, termina reconociendo que “bienvenidas sean otras pruebas, pero siempre y cuando no distorsionen lo que ya está en marcha a nivel de diagnóstico y vigilancia”.