España pelea por llegar al 10% de secuenciación que recomienda Europa para hallar variantes como ómicron
En pocos meses la mitad de los contagios de COVID-19 los causará la variante ómicron, calcula el Centro Europeo de Control de Enfermedades (ECDC). Después llegará otra y más tarde otra. El virus con el que convivimos desde hace dos años irá mutando y cambiando sus características, pero eso no significa necesariamente que vaya a ser más virulento. Detectar estas variantes, compararlas y dar aviso es el principal objetivo de la secuenciación. A principios de año, la Comisión Europea solicitó a los países que incrementasen las tasas de secuenciación para que alcanzasen al menos el 5% y preferiblemente el 10% de los resultados positivos de las pruebas de COVID-19. En octubre, Europa secuenció unas 300.000 muestras y España alrededor de 3.000, según indica la microbióloga del Instituto de Salud Carlos III María Iglesias, lo que supone casi un 6%.
Hasta ahora, alguna de las variantes detectadas, como la delta, han sido capaces de ir imponiéndose sobre las otras, pero no puede decirse que hayan sido más agresivas. De hecho, explican los especialistas, el objetivo de todo virus es perpetuarse, convirtiéndose en más contagioso y menos virulento siempre que puede. “Todas las variantes han hecho lo que suelen hacer las variantes de los virus: ser cada vez un poquito más contagiosos, pero más leves”, asegura Carmen Cámara, inmunóloga y secretaria de la Sociedad Española de Inmunología, que considera que las vacunas disponibles también funcionarán con ómicron. “Los virus lo que quieren es infectar a cuanta más gente mejor, no matar a gente”, explica.
Todavía se sabe muy poco de la nueva variante, que tiene 55 mutaciones y 32 en la proteína S. “Lo primero que dio miedo fue ver que tenía más cambios de aminoácido en la proteína S. Sabemos que hay 22 aminoácidos en concreto que son muy importantes porque son los que están recubiertos de azúcares y hacen que los anticuerpos se peguen bien. Estos no están cambiados”, argumenta Cámara. “Parece ser que las vacunas, yo creo que sí, van a valer también para esta variante”.
La variante ómicron parece más contagiosa, pero todavía faltan estudios que confirmen ese aumento de la transmisibilidad o su nivel de virulencia, según ha explicado este jueves el Centro Europeo para la Prevención y Control de Enfermedades (ECDC). Se detectó por primera vez el 11 de noviembre en Botsuana y el número de países que han notificado casos de ómicron en la UE y en el mundo “sigue en aumento”, según confirma el organismo. La variante se detectó en España el lunes 29 de noviembre.
Leer el genoma para encontrar cambios
El ECDC también añade que parece que ómicron avanza con rapidez sobre la variante delta. “Según el modelo matemático realizado por el ECDC, hay indicios de que ómicron podría causar la mitad de todas las infecciones por SARS-CoV-2 en la UE en los próximos meses”. En todo caso, los datos son limitados.
Detectar una versión nueva del virus significa leer su genoma para encontrar cambios con respecto a la secuencia genética original (la que tenía el primer virus identificado) y esto se hace con la secuenciación de su ARN. El ARN de un virus es una especie de manual de instrucciones genéticas que utiliza el virus en su desarrollo y funcionamiento. Si el ARN cambia, cambia el virus y su forma de atacar a las personas. Esto no siempre implica mayores consecuencias tras un contagio.
“Los cambios pueden causarle una ventaja al virus, una desventaja o ser neutros y que no tenga ningún efecto en las propiedades que tiene el virus”, explica Iglesias, que se dedica a la secuenciación del coronavirus en el Instituto de Salud Carlos III. La viróloga aclara que las apariciones de variantes no tienen por qué conllevar que se aumente la transmisibilidad, aunque reconoce que las que se han ido imponiendo sí que han estado “relacionadas con un aumento de la transmisión”. “Con esta nueva variante todavía no lo sabemos”.
“El virus, desde que se produjo el salto de especie desde el animal que fuera hasta el ser humano –prosigue la viróloga– se va adaptando evolutivamente y mejorando en su capacidad para unirse a la célula humana”. Explica sobre las mutaciones detectadas que el SARS-CoV-2 es un virus “muy transmisible”, pero de virulencia baja “en comparación con otros virus, porque los síntomas que causa son leves”.
¿Qué es la secuenciación?
La secuenciación consiste en una serie de técnicas que utilizan los microbiólogos para leer toda la información genética de un organismo. Para el caso del coronavirus, se toma la muestra respiratoria, se extraen los ácidos nucleicos y a continuación se realiza un proceso de amplificación para aumentar la cantidad de material genético para la posterior secuenciación. La lectura de la información genética del virus se realiza en unos equipos llamados secuenciadores y los resultados después se someten a análisis bioinformático. De este modo, se logra realizar una interpretación del contenido del genoma y detectar si existen mutaciones o cambios. Si es así, se compara con otros virus secuenciados previamente.
En el mundo se han detectado cinco variantes de preocupación, dos de interés y ocho bajo monitorización. La OMS estima que lo óptimo sería secuenciar el 10% de los casos, y yo creo que España está preparada para responder ante este porcentaje
Los hospitales designados toman muestras de los positivos “sin ningún tipo de sesgo, como edad, género o si regresa de viaje” ya que este virus es de declaración obligatoria y el objetivo es “secuenciar todos los positivos posibles”. “En torno al 10% de todos los positivos que hay en el país se secuenciarán y veremos si en esas secuencias hay posibles cambios”, indica Iglesias.
En el mundo se han detectado por el momento cinco variantes de preocupación, dos de interés y ocho bajo monitorización, apunta la experta. “España, ahora mismo, tiene bastante capacidad de secuenciación”, explica Iglesias. “La OMS estima que lo óptimo sería el 10% de los casos, y yo creo que el país está preparado para responder ante este porcentaje”. A los esfuerzos actuales se sumará una partida de cinco millones de euros concedida en septiembre de los proyectos europeos HERA-Incubator. Ese presupuesto será coordinado por el Instituto de Salud Carlos III e irá a parar a las comunidades, para que puedan dotarse de más tecnología y personal.
3.000 muestras en octubre, casi el 6%
Silvia Calzón, secretaria de Estado de Sanidad, dijo tras el Consejo Interterritorial del pasado jueves que España está secuenciando en torno al 5% de las muestras. Según ha confirmado un portavoz del Ministerio de Sanidad, en estos momentos, dentro de la secuenciación aleatoria, “se secuencian el 5% de las que se reciben en cada comunidad”. La misma fuente indica que también existe una secuenciación dirigida, que es la que se realiza cuando “en alguna PCR llama la atención algún gen que se sale de la norma”. “Estamos trabajando para hacer más y mejor, pero sabiendo que el avance en el último año y medio en microbiología ha sido muy grande”, añaden.
En la Comunitat Valenciana, ese porcentaje crece hasta un 7%, según explica a elDiario.es Fernando González-Candelas, miembro de la Unidad Mixta de Investigación en Infección y Salud Pública FISABIO-Universidad de Valencia.
Si nos fijamos en la cifra del mes de octubre aportada por Iglesias, las 3.000 muestras secuenciadas suponen casi el 6% de pruebas positivas. En octubre se registraron 50.015 casos de coronavirus por fecha de diagnóstico, según ha publicado el Instituto de Salud Carlos III. El dato varía mes a mes “dependiendo de la incidencia”, explica Iglesias. “Casi todos los países de Europa tienen buenos sistemas de vigilancia. Por eso es difícil que se escape alguna variante”, concluye la microbióloga.
González-Candelas admite que es difícil saber con exactitud cuánto se está secuenciando sobre el total de casos. “Debería intentar llegarse al 10%, según la recomendación de la OMS, pero esta recomendación se hizo hace casi un año y la situación ha cambiado bastante”, añade. Su equipo lleva años secuenciando virus y bacterias, aunque asegura que ahora mismo cuentan con mucho más instrumental para seguir con este trabajo. El científico explica también que el equipamiento “no lo es todo” y que también hace falta personal y que lleguen reactivos sin interrupciones. “Si tuvieras todo el personal necesario y todos los suministros, podrías estar secuenciando continuamente, las 24 horas”. Que suba o baje la incidencia, en su opinión, no debe influir en el ritmo. “La idea es cuanto más, mejor”.
Los expertos consultados coinciden en que es muy importante “establecer un buen sistema de vigilancia”. “Hay países que no tienen esa capacidad económica porque la secuenciación es un procedimiento muy caro”, sostiene Iglesias. Si se pierde información en algunos países pueden surgir variantes como ómicron “que lleven un tiempo circulando y que no hayan podido ser detectadas”. Para hacerse una idea, apunta la experta, “una carrera [proceso completo de secuenciación] de 96 muestras serían unos 8.000 euros sin contar la mano de obra ni los secuenciadores, que según su gama y capacidad, pueden costar desde 85.000 euros a un millón”.
“La secuenciación no incide sobre el tratamiento o pronóstico de las infecciones, que es lo más urgente. Sí que incide sobre la preparación y las medidas”, dice González-Candelas.
Alfa, delta y ahora ómicron. Las variantes preocupantes o de interés seguirán apareciendo y la única manera de detectarlas y de trazar un plan de actuación sobre ellas es seguir secuenciando el genoma del coronavirus en busca de mutaciones. Con ello, se podrán diseñar planes de salud pública y seguir mejorando las vacunas.
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