España apuesta por la secuenciación del coronavirus

España es el cuarto lugar del mundo con mayor presencia de la variante británica del SARS-CoV-2. También es el cuarto que más secuencia. Según la base de datos GISAID, se han identificado 118 genomas de este tipo en nuestro país (aunque Sanidad ya habla de 219), 93 de los cuales solo en el último mes, lo que nos sitúa por detrás de Estados Unidos, Dinamarca y Reino Unido, que registra más de 25.000 casos de la mutación B.1.1.7 del coronavirus. Este ritmo de contagios ha alertado al Centro Europeo para la Prevención y Control de Enfermedades (ECDC) y a gobiernos como el español, que acaba de incluir la secuenciación en su plan de vigilancia contra la COVID-19.

Comparado con el Reino Unido, es cierto que la incidencia del linaje británico en nuestro país no es demasiado alta –en torno al 5%–, pero puede cambiar en las próximas semanas. Fernando Simón ha adelantado que, para marzo, esta cepa predominará en más del 50% de los casos. En otros países azotados por este linaje, como Irlanda, su presencia aumentó del 4% al 46% en solo seis semanas. ¿Qué implica esto?

“La cepa que más circule será la que tenga una mayor ventaja evolutiva, por lo tanto es muy probable que en marzo ocupe la mayor parte del nicho ecológico”, ha explicado el director de Alertas y Emergencias Sanitarias (CCAES), que también ha advertido que no existen recetas mágicas ni específicas para atajar su transmisión: los confinamientos, las mascarillas, la distancia física y demás restricciones funcionan contra cualquier mutación que pueda desarrollar el SARS-CoV-2. “Las medidas de control son las mismas, pero hay que aplicarlas mejor o aplicar alguna más”, ha expresado el portavoz. Lo que resulta interesante mientras tanto es aumentar la vigilancia genómica y epidemiológica para calcular si los nuevos linajes pueden acelerar aún más el ritmo de la pandemia en España y, sobre todo, afectar o no al plan de vacunación.

Reino Unido ha descubierto que la variante británica se transmite entre un 24 y un 57% más rápido, lo que ha provocado una cascada de cierres de fronteras aéreas con el país, más restricciones y el paso a un nivel de riesgo “alto/muy alto” en el mapa de la ECDC. Aunque no existen evidencias científicas sólidas de que sea más virulenta, el Gobierno de Boris Johnson añadió que “podría ser” un 30% más mortal según sus datos “preliminares”. Sin embargo, esto no se puede desligar del estado de saturación extremo que sufre su sistema público de salud (NHS) desde hace un mes, cuando estallaron los contagios tras las fiestas de Navidad.

Por ejemplo Dinamarca, el país que más secuencia y que más datos está aportando sobre la variante británica de la Unión Europea, ha mostrado que su frecuencia de contagio ha pasado de ser menor del 0,5 % de las muestras a rozar el 4% en algo más de un mes. Aunque la cepa logre imponerse, como se espera que ocurra en nuestro país en marzo, harán falta más estudios para conocer qué implica esto en la evolución de la pandemia.

Aún quedan dudas por resolver, pero la detección de este nuevo linaje se ha visto agilizada gracias a los esfuerzos en investigación genómica que llevan a cabo tanto Reino Unido como España. El primero es líder en Europa, pero los equipos españoles ocupan el tercer lugar después de Dinamarca en el rastreo y análisis de las mutaciones en los genomas de los virus.

El Centro Nacional de Microbiología (CNM), perteneciente al Instituto de Salud Carlos III, la fundación Fisabio, CSIC y algunos laboratorios de hospitales y universidades públicas llevan meses trabajando sin descanso para crear un registro mundial de variantes del coronavirus junto a otros países. Lo hacen mediante GISAID, un consorcio público creado para registrar el virus de la gripe y que ahora sirve como repositorio de los avances internacionales en la secuenciación genómica del coronavirus.

Ni la lista está completa ni las variantes de SARS-CoV-2 son algo nuevo, pero hay tres que preocupan a los virólogos por el mayor número de cambios que poseen y sus posibles implicaciones. Las nomenclaturas técnicas han provocado que se bauticen como “británica” (B.1.1.7), “sudafricana” (B.1.351) y “brasileña” (P.1), un señalamiento que los investigadores prefieren evitar por no estigmatizar a esos países. “En España se empezaron a revisar todas las muestras disponibles desde diciembre y desde ese mismo mes pensamos en cómo integrar la información obtenida por la vigilancia genómica en nuestros informes”, ha explicado Fernando Simón.

Ahora, este esfuerzo se verá multiplicado al entrar bajo el paraguas del plan del Gobierno, que obliga a las comunidades a designar una Red de laboratorios para secuenciar muestras de la COVID-19 y que estarán encabezados por el CNM. El protocolo presentado este lunes por Sanidad sitúa la investigación genómica y el registro de estas mutaciones entre las estrategias prioritarias para controlar la pandemia. “La aparición de variantes que aumenten la transmisibilidad, su virulencia o que escapen a la acción de los anticuerpos o a la vacuna, constituyen un problema de salud pública de primer orden”, especifican. Por lo tanto, buscarlas y controlarlas se ha convertido en una vocación administrativa.

¿Cómo va a secuenciar España a partir de ahora?

La intención de Sanidad es que las comunidades autónomas secuencien el 1-2% de sus casos semanales diagnosticados. Es decir, con los datos del viernes pasado, España debería analizar entre 1.887 y 3.774 genomas, y dividir los esfuerzos según las autonomías con mayor incidencia: Andalucía, Madrid y la Comunitat Valenciana, las que más, y Ceuta, Melilla y Cantabria, las que menos.

Respecto a los genetistas encargados de secuenciar, cada región designará uno o varios laboratorios, aunque no especifican cuántos, según ha podido saber elDiario.es. La Red estará coordinada por el Ministerio de Sanidad a través del Centro Nacional de Microbiología (CNM) del ISCIII, que actuará como nodo central en lo referente a los aspectos técnicos y prestará apoyo en secuenciación y análisis bioinformático a aquellas comunidades que no dispongan de la suficiente capacidad. Los resultados se volcarán en el sistema de vigilancia SiViEs, que ya se utiliza para notificar a Sanidad los principales indicadores de la pandemia (incidencia acumulada, ocupación hospitalaria y en UCI, brotes o positividad).

Otro aspecto clave es la selección de las muestras. El Ministerio establece cuatro escenarios en los que la recogida de información genómica debe ser prioritaria: pacientes con sospecha de reinfección, casos vinculados a lugares o ámbitos asociados a las tres variantes señaladas, casos con sospecha de escape vacunal o inmunológico, y situaciones en las que se registre una alta transmisibilidad o virulencia.

El plan de secuenciación del Gobierno aún está en una fase inicial, pero responde a una necesidad nueva y sobrevenida que pone en jaque la estrategia global contra el virus. Para evitar que se cuele una mutación peligrosa del virus o que nazca y se propague otra nueva desde dentro, el ECDC pedía solo una cosa: reaccionar.

Este nuevo protocolo cumple la indicación de vigilar, aunque no pueda evitar que dentro de dos meses la variante británica circule de manera predominante por nuestro país. La única solución frente a ella, como dice Fernando Simón, es aunar “responsabilidad individual” con una mejor aplicación de las medidas, e intentar aliviar la presión de las UCI antes de que la mutación aumente su presencia. Pues, con una ocupación media del 40% sólo por coronavirus, “nuestro sistema asistencial está otra vez en una situación de máxima tensión” y no se puede permitir lidiar además contra una cepa más contagiosa o más virulenta.